山西农业大学国旗护卫队于1996年在校团委的指导下成立。自成立以来，国旗护卫队一直以弘扬爱国主义精神、加强精神文明建设为宗旨；以承担学校日常、重大节日和重大活动的升降国旗为主要任务。其通过团结的氛围，积极的思想，过硬的本领，严谨的作风逐步赢得了校内外的普遍认可，并且将“爱国、爱旗、爱校”融入到了日常生活中。

山西农业大学国旗护卫队现下设两个部门：作训部和组织部。作训部主管有关训练的一切事务，包括训练方案制定，带队训练等工作；组织部负责组织队内集体活动，包括训练期间的娱乐，以及护卫队档案的管理等任务。